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這種方法適用于對不宜加熱的液體和溶液的滅菌。過濾除菌的成分可以采用無菌操作加入到其他已經(jīng)加熱滅菌的成分中。過濾除菌還可用于過濾需要濾菌的空氣，例如發(fā)酵用的無菌空氣,盡管這種方法很難完全過濾空氣中的噬菌體。膜濾器在過濾除菌時使用最廣泛。
  膜濾器通常是由高效的多孔醋酸纖維素膜組成，因其孔隙率不同有廣泛的用途。與深度的過濾器相比，膜濾器是將比一定孔徑大的粒子留在其表間，因為膜上最大的孔徑要
比最小的殘留粒子小。截留的粒子只與膜孔徑的大小有關(guān)而不受靜電吸引或吸附作用的影響，所以生產(chǎn)廠給定的濾膜孔徑是影響過濾的惟一因素。膜孔徑的大小可以在一定范
圍內(nèi)有所變化，但生產(chǎn)廠必須提供準確的誤差范圍。例如，過濾細菌最常用的濾膜孔徑為〔0.22 ±0.02)μm，這種濾膜可以用在具有較高相對壓差的正壓濾菌器中，在短時間內(nèi)完成過濾，而且不影響滅菌的效果。
盡管不同的濾膜生產(chǎn)廠家生產(chǎn)了各種不同級別的小孔濾膜，但對于細菌培養(yǎng)基等的

滅菌，所有過程的最后一步都應(yīng)用孔徑為0.22μm的濾膜除菌。用于細菌計數(shù)分離以及真菌學樣品分析的0.45μm的濾膜不能夠滿足細菌學無菌的要求。

過濾可分為負壓過濾(如抽濾)和正壓過濾。在樣品的微生物分析中，經(jīng)常會用到負
壓過濾法。但培養(yǎng)基、糖溶液、血清等的過濾除菌，最好采用正壓方式，主要有以下兩個原因：一是采用負壓濾菌需要一個帶側(cè)嘴的接收容器（如濾瓶），用以安裝吸管或者使用過濾附件。對于前者來說滅菌的液體要采用無菌操作再次轉(zhuǎn)移到最后的滅菌容器中，支路的濾器附件可使濾液直接濾入最后的滅菌荇器中，伹必須采取足夠的保護措施防止從真空裝盤倒吸的水、油和非無菌空氣，或由于容器密封不嚴造成的非無菌空氣的逬人。其中最后一點很難做到。采用負壓的第二個缺點朵最大絕對壓差是一個大氣壓(不可能達到)而采用正壓濾菌時，可使用更高的壓力，從而使過濾速度更快。