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免疫沉淀(Immunoprecipitation, IP)原理
IP是利用抗原蛋白質(zhì)和抗體的特異性結合以及細菌蛋白質(zhì)的“protein A/G"特異性地結合到抗體(免疫球蛋白)的FC片段的現(xiàn)象開發(fā)出來的方法。目前多用proteinA/G預先結合在argarosebeads上，使之與含有抗原的溶液及抗體反應后，beads上的prorein A/G就能達到吸附抗原的目的。通過低速離心，可以從含有目的抗原的溶液中將目的抗原與其它抗原分離。
每步都非常關鍵，需要嚴格控制實驗流程中每個關鍵步驟的質(zhì)量，才能最終達到你的實驗目的。
IP實驗步驟
基本實驗步驟
(1)收獲細胞，加入適量細胞IP裂解緩沖液(含蛋白酶抑制劑)，冰上或者4℃裂解30min，12,000g離心30 min后取上清；(2) 取少量裂解液以備Westernblot分析，剩余裂解液將1μg相應的抗體和10-50μlproteinA/G-beads加入到細胞裂解液，4°C緩慢搖晃孵育過夜；
(3)免疫沉淀反應后，在4°C 以3,000 g速度離心5 min，將protein A/G-beads離心至管底；將上清小心吸去，proteinA/G-beads用1ml裂解緩沖液洗3－4次；最后加入15μl的2×SDS 加樣緩沖液，沸水煮10分鐘；
(4)SDS-PAGE, Western blotting或進行質(zhì)譜分析。
一、 樣品處理：免疫沉淀實驗成功與否，第一步處理樣品非常關鍵。免疫沉淀實驗本質(zhì)上是處于天然構象狀態(tài)的抗原和抗體之間的反應，而樣品處理的質(zhì)量決定了抗原抗體反應中的抗原的質(zhì)量，濃度以及抗原是否處于天然構象狀態(tài)。所以制備高質(zhì)量的樣品以用于后續(xù)的抗體-agarose beads孵育對免疫沉淀實驗是否成功非常關鍵。在這個環(huán)節(jié)中，除了要控制所有操作盡量在冰上或者4°完成外，最為關鍵的是裂解液的成份。
的和不同的蛋白質(zhì)特性來選擇最佳的裂解液。
a．緩沖液：離子緩沖液常采用pH7.4的Hepes或者Tris-Cl。
b． NaCl濃度一般習慣用150mM，這主要是因為150mM接近生理濃度，不會破壞蛋白質(zhì)之間的相互作用。然而細胞內(nèi)部的NaCl濃度并不是均一的，局部NaCl的濃度可以低到50 mM，150 mM的NaCl有可能會破壞這個區(qū)域的蛋白質(zhì)相互作用。因此裂解液配方最佳的NaCl濃度要視所分析
的蛋白的亞細胞定位而定。
c．甘油由于其粘性，可以對蛋白質(zhì)之間的相互作用起到一個很好的保護作用。一般添加10%的甘油有助于穩(wěn)定蛋白質(zhì)之間的相互作用。
d．裂解液中的去垢劑可以裂解細胞質(zhì)膜，也同時破壞了許多細胞器的膜，從而釋放了其中儲存的許多蛋白酶。而由于用于免疫沉淀實驗的去垢劑作用比較溫和，因此蛋白酶的活性大部分得以保存。還有一部分蛋白酶來自胞質(zhì)中，主要由于其抑制蛋白或者其活性抑制環(huán)境受到改變后從而恢復了蛋白酶活性。因此，添加蛋白酶抑制劑對于防止目的蛋白的降解從而完成免疫沉淀實驗非常關鍵。一般主要通過添加EDTA抑制金屬蛋白酶，通過ProteaseCocktail(多種蛋白酶抑制劑混合物)可以抑制蛋白酶。
e．去垢劑對于免疫沉淀實驗尤其是免疫共沉淀實驗是一個非常關鍵的因素。不同的去垢劑種類和不同的去垢劑濃度主要通過影響以下三個因素來影響免疫沉淀效果：-細胞質(zhì)/器膜的通透性：因為許多目的蛋白都定位在細胞器中，所以必須先將這些蛋白釋放出來，抗體才能與之反應。
-膜蛋白的釋放：許多膜蛋白的構象對去垢劑種類和濃度非常敏感，因此針對這類蛋白的免疫沉淀實驗，需要謹慎地嘗試多種去垢劑以及不同濃度。-蛋白相互作用：不同去垢劑對不同性質(zhì)的蛋白質(zhì)的相互作用影響程度不一樣，需要根據(jù)具體蛋白的特性進行分析選擇去垢劑種類和濃度。而由于何種去垢劑適應作用于何種蛋白質(zhì)現(xiàn)在很難精準預測，所以一個更為切實可行的辦法就是通過具體實驗篩選合適的去垢劑種類和濃度。
二、抗體-agarose beads孵育
裂解細胞，離心并去除不可溶的膜組份后，上清可以儲存在-80°保存3個月，但最好能夠使用新鮮制備的細胞裂解液上清去進行抗體-agarose beads孵育實驗?？贵w可以先加入上清中與樣品孵育數(shù)小時后再加入 Protein A或者G beads孵育過夜，也可以同時加入抗體和Protein A或者Gbeads孵育過夜。一般選擇1mg總蛋白(1mg/ml)對應添加1ug抗體，最高可以添加至5ug抗體，過多的抗體會產(chǎn)生假陽性。這個步驟中關鍵因素在于選擇合適的陰性對照。一般選用加同樣量的IgG，但更為妥當?shù)姆椒ㄊ沁x擇針對胞內(nèi)其它無關目的蛋白的一抗做對照。例如，做膜蛋白A的免疫沉淀，選擇膜蛋白B來做陰性對照，只要確認二者之間沒有相互作用；而做胞質(zhì)可溶性蛋白C的免疫沉淀，則選擇另外一個可溶性蛋白D來做陰性對照。同時，為避免Protein A或者Gbeads有(非)特異性吸附從而造成免疫沉淀實驗結果的假陽性，一般在加入目的蛋白抗體之前，預先將Protein A或者G beads與細胞裂解液孵育數(shù)小時，然后取上清用于后續(xù)的抗體-agarose beads孵育。
同時，Protein A或者G beads對不同類型的抗體親和力不同，結合一抗的種屬和Ig亞型，選擇合適的ProteinA或者Gbeads也是決定免疫沉淀實驗成功與否的一個重要因素。一般推薦使用Protein A和Protein G beads的混合物，這樣可以達到最佳實驗效果，而且省去了許多選擇的煩惱。
三、抗體-agarose beads復合物洗滌：除了選擇特異性好的抗體以及選擇合適的陰性對照外，去除免疫沉淀實驗非特異性的一個辦法是對抗體-agarose beads復合物進行多次洗滌。一般洗滌緩沖液使用和裂解液一樣的配方，但去除甘油，以減少由于甘油的粘性帶來的非特異性吸附。針對不同的實驗要求，還可以通過更改NaCl的濃度以及去垢劑的比例，種類來達到去除非特異性吸附的效果。例如，針對單純的免疫沉淀而非免疫共沉淀實驗或者雖然是進行免疫共沉淀實驗，但蛋白質(zhì)之間的結合比較牢靠，可以考慮使用低濃度(0.2-0.5%)的SDS洗滌抗體-agarose beads復合物，這樣可以去除絕大部分非特異性相互作用。
四、鑒定免疫沉淀實驗用途非常廣泛(見IP： Q&A)，而且基于最基本的免疫沉淀實驗衍生出了許多免疫沉淀相關實驗手段(比如免疫共沉淀，染色質(zhì)免疫沉淀和RNA-蛋白免疫沉淀)，因此，免疫沉淀實驗的鑒定方法主要視實驗目的而定。我們在本手冊中主要簡單概述常見的免疫沉淀之后的 WB檢測需要注意的實驗環(huán)節(jié)。由于免疫沉淀實驗使用目的蛋白抗體加ProteinA/Gbeads與樣品孵育，因此在最后離心獲得抗體-agarosebeads復合物后，eppendorf管中主要含有抗體，目的蛋白，Protein A/G beads以及一些其它非特異性作用蛋白。其中，抗體和目的蛋白以及ProteinA/Gbeads三者之間是以非共價健結合在一起，只有ProteinA/G與agarosebeads是共價結合在一起的。因此，最后經(jīng)過添加含巰基乙醇的加樣緩沖液以及煮沸變性并離心出去 Protein A/G beads后，eppendorf管只有抗體和目的蛋白以及少量非特異性吸附蛋白。這樣 SDS-PAGE中就含有目的蛋白和抗體二種蛋白，由于加樣緩沖液中含有巰基乙醇從而導致抗體的重鏈與輕鏈之間的二硫鍵被破壞從而使得抗體分子變成重鏈分子(55KD)和輕鏈分子(25KD)。因此，WB顯色反應中除了能檢測到目的蛋白外，如果所使用的二抗與用于免疫沉淀實驗的抗體分子屬于同一種屬的話，還能檢測到重鏈和輕鏈分子。通常用于免疫沉淀的抗體量非常大(1ug)，所以當目的蛋白的大小接近重鏈或者輕鏈分子時，重鏈或者輕鏈分子的WB信號常常由于信號過強而導致影響對目的蛋白的WB結果判斷。
a．選擇不同種屬的抗體分別進行免疫沉淀實驗和WB實驗，這樣再選擇一個種屬交叉反應比較弱或者無種屬交叉反應的二抗進行WB實驗，就可以大大減弱重鏈和輕鏈分子的WB信號。
b．使用交聯(lián)劑將抗體和ProteinA/Gbeads交聯(lián)，然后通過添加不含巰基乙醇的加樣緩沖液處理目的蛋白-抗體-agarosebeads復合物，最后離心去除抗體-agarosebeads復合物，上清中只留下目的蛋白。
免疫共沉淀
免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的用于研究蛋白質(zhì)相互作用的經(jīng)典方法。是確定兩種蛋白質(zhì)在完整細胞內(nèi)生理性相互作用的有效方法。其原理是：當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)間的相互作用被保留了下來。如果用蛋白質(zhì) X的抗體免疫沉淀 X，那么與 X在體內(nèi)結合的蛋白質(zhì) Y也能沉淀下來。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質(zhì)是否在體內(nèi)結合；也可用于確定一種特定蛋白質(zhì)的新的作用搭檔。其優(yōu)點為：（1）相互作用的蛋白質(zhì)都是經(jīng)翻譯后修飾的，處于天然狀態(tài)；（2）蛋白的相互作用是在自然狀態(tài)下進行的，可以避免人為的影響；（3）可以分離得到天然狀態(tài)的相互作用蛋白復合物。缺點為：（1）可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)相互作用；（2）兩種蛋白質(zhì)的結合可能不是直接結合，而可能有第三者在中間起橋梁作用；（3）必須在實驗前預測目的蛋白是什么，以選擇最后檢測的抗體，所以，若預測不正確，實驗就得不到結果，方法本身具有冒險性。
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